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中药，尤其直接入药的药材，由于产于土垠。生于空气中，在贮放环境 中茗通风及卫生条件不符合要求，也易造成昆虫、细菌的繁殖，故在洗药，常规干燥时，难以将生物及微生物或卵、螨等清除或杀灭。因而，此种药材即使经粉碎、过筛后也难以符合中国药典所规定的杂菌指标要求，必须对其进行灭菌处理。麻黄、生草鸟、甘草、穿心莲经微波加热、烘箱和未经加热的样品，从成分含量测定的结果分析，生物碱、内脂、有机酸等对微波加热较稳定。乌头碱经微波处理后，基本上没有被破坏，一般灭菌时间为3～6分钟。
微波用于中药灭菌提取的良好的效果。曾用三种微波发生装置：2450MHZ隧道式微波加热器；2450MHZ直波导微波机；2450MHZ组合波导微波机。分别对丸药样品进行灭菌，含菌数比未经处理的样品降低74%～99%，微波灭菌的饮片含菌数比未经处理的降低99%，如微波处理的当归，经分析测定其挥发油的气相色谱图，其主要成分无多大变化，而沸点低的其挥发油则明显减少。
微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
